Aby wybrać opodatkowanie ryczałtem, podatnik składa zawiadomienie ZAW-RD do urzędu skarbowego. Co do zasady należy zrobić to do końca pierwszego miesiąca pierwszego roku podatkowego, w którym spółka chce korzystać z estońskiego CIT. Możliwe jest także przejście na ryczałt w trakcie roku, ale wymaga to m.in. zamknięcia ksiąg i sporządzenia sprawozdania finansowego na odpowiedni dzień.